Linköpings Missionsförsamling är en del av Equmeniakyrkan.
2011 bildade Svenska Missionskyrkan, Baptistsamfundet och Metodistkyrkan i Sverige ett nytt kyrkosamfund, där arbetsnamnet blev Gemensam Framtid. På kyrkokonferensen i maj 2013 togs beslut om namnet Equmeniakyrkan .

Tillsammans med övriga församlingar i vår del av landet tillhör vi Region Öst av Equmeniakyrkan.